農糧署在「健康、效率、永續經營」全民農業的目標和理念下，除加速推動「產業結構調整，加速轉型升級」、「發展安全農業，確保消費安全」及「穩定農產價格，保障農民收益」等三大重點工作外；未來將配合農委會「精緻農業健康卓越方案」，建構作物健康管理模式，積極為消費者安全把關，並推動休耕農地活化及加強農產品行銷，發展科技創新、全民共享的精緻農業。