漁業是海島型經濟的重要產業。五十年來台灣漁業發展成果斐然，但近年來國內外漁業環境急遽改變，世界各沿海國經濟海域漸形擴張，國際間漁業資源保育要求聲浪日高，加以責任制漁業之實施，公海自由捕魚日益嚴苛，爾後積極參與國際漁業組織，履行責任制漁業，維護公海作業權益日趨重要。在國內則因工商業快速發展，導致漁村勞力外流，漁業從業人口漸趨老化；沿近海域污染日趨嚴重，漁業資源逐漸減少；養殖漁業由於超限使用水土資源，養殖環境日趨惡化。因此，為因應國內外漁業環境變遷與未來漁業發展及配合政府再造，有效發揮行政管理輔導效率，於87年8月1日正式成立漁業署。